Người chơi điều khiển một đối tượng thử nghiệm "Class-D" (hay "nhân viên cấp D" trong game, một tù nhân người được đưa ra từ tử tù, được phép làm việc cho Tổ chức để hoãn thi hành án và để thử nghiệm các vật thể trên), chỉ định D-9341 khi anh ta cố gắng trốn thoát khỏi cơ sở nghiên cứu của Tổ chức, khi xuất hiện vi phạm quản thúc của các vât thể dị thường, được chỉ định là "SCP".

Người chơi bị truy đuổi bởi nhiều SCP thù địch; đứng đầu là SCP-173, một bức tượng có khả năng di chuyển ở tốc độ cao khi không bị quan sát trực tiếp. Điều này gây khó khăn hơn cho người chơi khi cần chớp mắt định kỳ, cho phép SCP-173 tấn công nếu nó ở gần.[3][4] Một số môi trường nhất định (như phòng chứa đầy khí gas) sẽ khiến người chơi chớp mắt thường xuyên hơn. Một trong những SCP khác là SCP-096, sẽ truy tìm người chơi trên bản đồ và nó sẽ trở nên điên loạn nếu ngươi nhìn vào khuôn mặt của nó.[5]

Một trong những tính năng chính của trò chơi là các phòng được tạo ngẫu nhiên. Tất cả các phòng trong trò chơi được chọn ngẫu nhiên từ một bộ phận hành lang, phòng và văn phòng, được nối lại với nhau để tạo ra cơ sở. Các phòng này được chia thành ba bộ: khu vực quản thúc vật thể nguy hiểm (Heavy Containment Zone), khu vực quản thúc hạng nhẹ (Light Containment Zone) và khu vực lối vào (Entrance Zone). Mỗi khu vực chứa một bộ phòng và hành lang có thể được tạo ngẫu nhiên, cũng như các món đồ và SCP riêng của nó. Một số SCP, chẳng hạn như SCP-173 và SCP-106, có thể xuất hiện trên toàn bộ cơ sở.[2] Các khu vực sẽ dần trở nên khó hơn; khu vực quản thúc vật thể nguy hiểm sở hữu những SCP nguy hiểm hơn khu vực quản thúc hạng nhẹ. Khu vực lối vào đánh dấu sự xuất hiện của một đội lính đặc nhiệm ưu tú với lời nói "Mobile Task Force (Lực lượng đặc nhiệm cơ động) Epsilon-11 designated as Nine-Tailed Fox (Cáo chín đuôi) has entered the facility. Họ được Tổ chức triển khai để tái quản thúc lại các SCP và/hoặc phá hủy cơ sở nghiên cứ bằng cách kích nổ đầu đạn hạt nhân nằm trong cơ sở. Những người lính đó sẽ bắn khi thấy người chơi trong tầm nhìn của họ, đi theo 1 đội hình nhất định. Mục tiêu vừa là tiêu diệt nhân viên cấp D, vừa là tái quản thúc các SCP, khiến họ trở thành một trong những kẻ thù nguy hiểm nhất gặp phải trong trò chơi.[cần dẫn nguồn]

Trên đường đi, người chơi có thể tìm thấy rất nhiều vật phẩm để hỗ trợ họ sống sót. Chúng bao gồm các công cụ như mặt nạ phòng độc, các thiết bị điện tử khác nhau, pin và thẻ khóa ở nhiều cấp độ khác nhau để vận hành cửa khóa. Họ cũng có thể gặp SCP lành tính hoặc không nguy hiểm; một ví dụ là SCP-914, một cỗ máy lớn có khả năng tinh chỉnh các vật phẩm mà người chơi đưa vào đó thành các phiên bản xấu hơn hoặc cao cấp hơn dựa trên cách điều khiển của nó được đặt trước khi kích hoạt.[6]